规章制度被践踏，让涡喷-6发动机出现了一系列质量问题，加工质量直线下降，而质检方面更是几近于无，导致发动机的质量根本无从谈起。这为日后涡喷-6发动机的大规模质量事故发生埋下了伏笔。

1958年，涡喷-6发动机的第一台样机虽已完成组装，但在“大跃进”影响下，其所有技术指标没有一项能达标。虽经全厂技术人员努力攻关，到1959年3月通过鉴定试车。不过在设计生产过程中所出现问题并没有得到实质性解决，就在年底生产了60台交付空军使用。这60台不合格的涡喷-6发动机交付空军使用不久便暴露出了严重的质量问题，致使装备这批发动机的歼6战机全部停飞，而且还差点造成了机毁人亡。当时全军的歼6战机也几乎全部停飞进行质量排查。虽然这批发动机前后陆续返厂维修，但直到1961年初仍没有生产出一台合格的涡喷-6发动机，对当时的中国国防安全造成了重大的影响。

针对这种反科学现象，1960年，中央军委对沈航发厂进行全面质量整顿，并对涡喷-6发动机进行重新试制。在中央强有力的干预下，沈航发厂上下组织相应人员对涡喷-6的制造工艺、检验规章进行系统的改进完善，工厂重新回到正轨上来，试制工作得到了顺利的开展。到1961年10月，重新试制的涡喷-6发动机通过了全寿命试车考核，通过了国家提出了所有技术要求，随即转入批量生产，当年即交付了72台，保证了歼6战机的正常作战要求。